Die U.S.S. Voyager verfolgt ein Schiff der Maquis, eine Gruppe abtrünniger Sternenflotten-Offiziere, die Schiffe der Sternenflotte für ihre Untergrundkämpfe gegen die Cardassianer missbrauchen. An der cardassianischen Grenze kommen beide Schiffe in das Gebiet der Badlands und werden mit einem merkwürdigen, einzigartigen Phänomen konfrontiert. Beide, Voyager und Maquis werden in einen weit entfernten Bereich der Galaxie, den Delta-Quadranten, geschleudert. Von dort aus dauert der Weg nach Hause ca. 75 Jahre bei maximalem Warp. Dieser Bereich der Galaxie wird von den Kazon beansprucht, die auch gleich zwei Crew-Mitglieder und die Ocampa, eine dort lebende Rasse, bedrohen. Die Ocampa werden von einem "Fürsorger" beschützt, der jedoch bald sterben wird. Die Crews der Voyager und des Maquis beschließen, sich gemeinsam gegen die Kazon zu wehren, wobei das Maquis-Schiff zerstört wird...

Die U.S.S. Voyager verfolgt ein Schiff der Maquis, eine Gruppe abtrünniger Sternenflotten-Offiziere, die Schiffe der Sternenflotte für ihre Untergrundkämpfe gegen die Cardassianer missbrauchen. An der cardassianischen Grenze kommen beide Schiffe in das Gebiet der Badlands und werden mit einem merkwürdigen, einzigartigen Phänomen konfrontiert. Beide, Voyager und Maquis werden in einen weit entfernten Bereich der Galaxie, den Delta-Quadranten, geschleudert. Von dort aus dauert der Weg nach Hause ca. 75 Jahre bei maximalem Warp. Dieser Bereich der Galaxie wird von den Kazon beansprucht, die auch gleich zwei Crew-Mitglieder und die Ocampa, eine dort lebende Rasse, bedrohen. Die Ocampa werden von einem "Fürsorger" in einer Raumstation beschützt, der jedoch bald sterben wird. Die Crews der Voyager und des Maquis beschließen, sich gemeinsam gegen die Kazon zu wehren, wobei das Maquis-Schiff zerstört wird...

B'Elanna Torres' Temperament ging mit ihr durch und der Anwärter für den Posten des Chefingenieurs wird mit dreifach gebrochener Nase in die Krankenstation eingeliefert. Als die Voyager eine Quanten-Singularität entdeckt, wird die Diskussion zwischen Chakotay und dem Captain, ob Torres das Zeug zum Chefingenieur hat, zurückgestellt. In der Quanten-Singularität ist ein Schiff gefangen, von dem die Voyager einen Notruf empfängt. Doch die Rettung sollte komplizierter werden als gedacht...

Nachdem die Crew einen durch eine Naturkatastrophe unbewohnbar gewordenen Planeten erkundet, finden sich Janeway und Paris plötzlich Stunden vor der Katastrophe wieder. Während sie nach einem Weg zurück suchen, erleben sie eine Demonstration gegen ein Polarenergiekraftwerk, das die Katastrophe bewirkt haben könnte. Zuerst beruft sich Janeway auf die erste Direktive und greift nicht ein, erkennt dann aber, dass die Katastrophe möglicherweise auf ihre Präsenz zurückzuführen ist...

Auf der Suche nach Dilithium landet die Besatzung auf einem Planeten. Nach näherer Erkundung finden sie heraus, dass dies der Stützpunkt einer fremden Kultur ist. Die Vidiianer kämpfen gegen eine Krankheit, die Organe langsam auffrisst. Neelix wird zum Opfer ihrer "Heilmethoden", denn noch können sie die zerstörten Organe nur austauschen. Die Crew kämpft um sein und um ihr Leben...

Um die Antimaterievorräte der Voyager aufzufüllen, setzt die Voyager Kurs auf einen Nebel, der eine hohe Konzentration von Omicronpartikeln aufweist. Dabei durchstößt die Voyager eine Energiewand und wird plötzlich von Energiekugeln bombardiert. Die Voyager kann sich mit einem Photonentorpedo in letzter Minute den Weg freischießen. Als sich aber herausstellt, dass es sich bei dem Nebel um eine Lebensform handelt, gibt Janeway den Befehl, in den Nebel zurückzukehren und den Schaden zu beheben...

Ensign Harry Kim entdeckt ein Wurmloch zum Alpha-Quadranten, durch das die Voyager jedoch nicht fliegen kann. Eine Sonde wird hindurchgeschickt, um zu erkunden, wo genau sich das andere Ende befindet. Zwar schafft es die Sonde nicht, durch das Wurmloch zu kommen, doch auf der anderen Seite wird sie von einem romulanischen Schiff gescannt. Cpt. Janeway eröffnet eine Kommunikation zu dem romulanischen Captain Telek. Dieser ist zunächst äußerst misstrauisch...

Bei dem Besuch auf einem Planeten, der mit seinem Nachbarplaneten mitten im Krieg ist, wird Lt. Paris eines Mordes angeklagt. Er beteuert jedoch seine Unschuld. Seine Bestrafung ist, das Verbrechen aus der Sicht des Opfers immer wieder neu zu erleben, und zwar alle 14 Stunden für den Rest seines Lebens. Tuvok versucht, mit Hilfe einer Gedankenverschmelzung Toms Unschuld zu beweisen und ihn so vor dem Verrücktwerden zu retten...

Während der Erforschung eines unbekannten Planeten, gelangt die Crew auf eine Begräbnisstätte der Uhnori. Bei der Untersuchung der Körper wird Harry Kim in eine Subraum-Vacuole eingehüllt und auf die Heimatwelt der Alienkultur befördert. Seine Präsenz dort bewirkt große Zweifel am Glauben an das Leben nach dem Tod. Kim erkennt, dass der einzige Weg zurück der ist, den er gekommen war - durch die Uhnori-Todesstationen. Kim legt sein Leben in die Hände des Schicksals in der Hoffnung, dass die Voyager-Crew ihn wiederbeleben kann...

Die Crew begegnet den Sikarianern, die für ihre Gastfreundschaft berühmt sind. Als bekannt wird, dass die Sikarianer über eine Technik verfügen, mit der sie den Raum falten können und so über 40000 Lichtjahre in einem Augenblick zurücklegen können, hofft die Crew auf einen Weg nach Hause. Aber die Gastfreundschaft ist nicht die, die sie zu sein scheint. Die Ethik beider Rassen wird auf eine harte Probe gestellt...

Während ein Außenteam auf einem Planeten auf Nahrungssuche ist, stößt die Voyager auf ein getarntes Kazonschiff. Das Außenteam beamt hoch, während Seska noch eine der Höhlen untersucht. Als Chakotay sie findet, werden sie beide von den Kazon angegriffen. Kurz darauf erhält die Voyager den Hilferuf eines Kazonschiffes. Obwohl Janeway mißtrauisch ist, geht sie dem Notruf nach. Man findet ein führerloses Kazonschiff, auf dessen Brücke sich mehrere tote Kazon befinden. Offenbar hatte die Besatzung ein technisches Experiment vorgenommen, das durch einen tragischen Unfall misslang. Als der Doktor herausfindet, dass dieses Experiment mit Hilfe von Föderationstechnologie zustande kam, wird eines zur Gewissheit: Auf der Voyager befindet sich ein Spion... Voyager befindet sich ein Spion...

Der holographische Doktor des Schiffs muss seine programmierten Grenzen überwinden, als das Holodeck von einer fremden Lebensform übernommen wird, die lebende Crewmitglieder in pure Energie verwandelt. Er erhält zum ersten Mal die Möglichkeit, seine Grenzen zu finde und zu überschreiten. Denn wenn er es nicht schafft, erwartet die Crew ein Schicksal, das schlimmer ist als der Tod...

Tuvok und Chakotay kehren verletzt von einer Routineexpedition zurück, Tuvok mit leichten Beschwerden, Chakotay stark verletzt. Während der Begegnung mit einem schwarzen Nebel wurde Chakotays neurale Energie aufgezehrt. Falls sie nicht zurückkehrt, wird Chakotay dazu verdammt sein, als gehirntoter Körper zu "leben". Während des Versuchs zum Nebel zurückzukehren, entdeckt die Crew, dass eine fremde Lebensform an Bord ist, die ihre Bemühungen überwacht...

B'Elanna Torres und Tom Paris werden von einer fremden Rasse entführt, die an der Phage-Krankheit leidet. Auf der Suche nach einer Heilung wird B'Elanna während eines Experimentes durch den talaxianischen Wissenschaftler Sulan in zwei Wesen gespalten: eine Klingonin und einen Menschen. Ihre zwei Ichs können nur gemeinsam aus dem fremden Labor entkommen und Lt. Paris retten...

Neelix wird mit dem haakonianischen Wissenschaftler Ma'bor Jetrel konfrontiert. Ma'bor Jetrel war an der Entwicklung der Metreon Cascade maßgeblich beteiligt. Dieses Gerät vernichtete einen Großteil der talaxianischen Rasse, darunter auch Neelix' Familie. Jetrel wird erlaubt, auf die Voyager zu kommen, als er behauptet, dass Neelix bald durch die Langzeitwirkung des Gerätes krank werden wird. Doch Neelix misstraut dem Mann, der seine Familie umgebracht hat, und muß dessen wahren Gründe für seine Anwesenheit auf der Voyager herausfinden, bevor es zu spät ist...

Verschiedene ehemalige Maquis brechen die Föderationsregeln und Tuvok erhält die Aufgabe, ihnen Disziplin und das Sternenflotten-Protokoll beizubringen, um auf der Voyager wieder Harmonie zu schaffen. Als ein unbekannter Virus die bioneuralen Schaltkreise des Schiffes das befällt, ist das Leben der gesamten Crew gefährdet. B'Elanna und der Doktor versuchen, eine Heilung zu finden. Tuvok und seine ungewöhnlichen "Kadetten" werden in einem instabilen Teil des Schiffes gefangen. Als einer von ihnen dem Tode nahe ist, werden die Crewmitglieder auf eine harte Probe gestellt...